Геноаналитика запускает программу по секвенированию генома коронавируса

В условиях продолжающейся пандемии COVID-19 важно не только обеспечивать традиционные меры профилактики и карантина, но и анализировать случаи уже произошедшего заражения. Лаборатория Геноаналитика предлагает свои услуги по чтению генома вируса SARS-CoV-2, а также помощь в анализе полученных данных.

Зачем знать геном вируса?

Результаты в базе GISAID

Первые образцы вирусной РНК из ГКБ №40 в Коммунарке, секвенированные нами в сотрудничестве с ФНЦИРИП им. Чумакова

Референсная (видовая) последовательность РНК короновируса была опубликована китайскими учёными ещё в январе 2020 года. Но с каждым новым носителем — не важно, тяжело больным или бессимптомным — вирус накапливает и новые мутации, всё сильнее отдаляясь от первоначального варианта. Мы можем определять генетические изменения в вирусе на уровне отдельного пациента. Их можно использовать для решения ряда эпидемиологических и научных задач:

  • для отслеживания путей заражения;
  • для географической кластеризации случаев;
  • для оперативного предсказания эпидемиологической обстановки в регионах страны;
  • для сопоставления с клинической картиной течения заболевания и тяжестью осложнений.

Нахождение участков стабильности генома коронавируса также поможет в создании долгодействующей рекомбинантной вакцины.

Как проходит исследование

Вирусная РНК анализируется на приборе Illumina HiSeq. Эта технология NGS (next generation sequencing, секвенирование нового поколения) позволяет получать большое количество достаточно длинных чтений (150-250 нуклеотидов) с очень высокой точностью — в итоге геном вируса перепокрывается тысячи раз. После этого полученные чтения биоинформатически собираются в единую геномную последовательность, которую можно будет сравнивать с референсной последовательностью и другими образцами вируса.

Для проведения анализа нам достаточно тотальной РНК биологического образца, для выделения которой клинической лаборатории не потребуется дорогостоящих или дефицитных реагентов — отбор специфичной коронавирусной РНК будет проведён уже на нашей стороне.
В то же время такие образцы будут абсолютно безопасны для транспортировки и не потребуют специального сопровождения.

Кроме непосредственно проведения эксперимента, мы посодействуем в подготовке и публикации данных в международные базы SRA/ENA и GISAID, куда уже добавлены последовательности тысяч вирусных изолятов, собранных со всего мира.

Также мы можем помочь с подготовкой конкурсной и грантовой документации для получения необходимого финансирования.

О компании

Геноаналитика — первый в России провайдер услуг секвенирования и генотипирования. С 2007 года наша компания приобрела большой опыт сотрудничества с частными и государственными научными и медицинскими организациями. Среди наших партнёров — более двухсот университетов, исследовательских институтов и лечебных учреждений России, Беларуси и Казахстана.
Геноаналитика является резидентом Научного парка МГУ и центром коллективного пользования Технопарка «Сколково». Все этапы наших исследований проводятся в собственной лаборатории в Москве.

Мы приглашаем к партнёрству учёных и врачей.
Ждём ваших обращений по телефону 8 (800) 777-87-40 и на электронную почту info@genoanalytica.ru.