Секвенирование
Чтение нуклеотидных последовательностей является универсальным инструментом геномики и с развитием технологий NGS становится всё более доступным. Мы обладаем рядом различных приборов для проведения секвенирования и рады предложить Вам:
Полногеномное секвенирование
требуется в сложных медицинских случаях, а также для работы с организмами, у которых неизвестен референсный геном, при необходимости сборки генома de novo, и изучении межгенного пространства. Мы поможем Вам с планированием эксперимента и подберём правильную схему покрытия генома
Секвенирование экзомов
экономичное и информативное решение большинства медико-генетических задач, особенно в случаях массовых и популяционных анализов. Возможно чтение как всего экзома, так и выборочное (таргетное) секвенирование генов для кандидатных исследований. Можно даже ПЦР-продукты, если их у Вас достаточно много
Секвенирование РНК
for all your gene expression needs. У нас можно заказать исследование экспрессии отдельных генов и целых транскриптомов, микроРНК и других регуляторных последовательностей
Различные эпигенетические анализы
любого формата - определение метилирования ДНК, анализ гистонных модификаций, или изучение генов-энхансеров. У нас накоплен богатый опыт пробоподготовки и анализа данных бисульфитного секвенирования (RRBS) и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq)
Технология 10х
представляем уникальную новую услугу — секвенирование 10x с использованием технологий Chromium и GemCode от 10x Genomics. В основе метода лежит использование микрореакторов: отдельные клетки или образцы ДНК (от 1 нг) заключаются в гелевые капли и готовятся независимо друг от друга. Каждой капле назначается индивидуальная молекулярная метка, с помощью которой можно отличить образцы на стадии анализа данных
Применение
Анализ экспрессии отдельных клеток
индивидуальный профиль экспрессии до 80 000 клеток, точность метода позволяет идентифицировать редкие подтипы внутри тканей
Иммунное профилирование
каталогизация V(D)J-репертуара, полноразмерный анализ тяжёлых и лёгких цепей иммуноглобулинов, выделение изотипов, оценка разнообразия и клональности клеток
Сборка de novo
эффективная и малозатратная реконструкция генома благодаря группировке чтений
Массовый анализ копийности
поиск участков копийности размером от 2 Mb в тысячах отдельных клеток, кластеризация и реконструкция эволюции копийных вариантов внутри ткани, популяции стволовых клеток или опухоли
Секвенаторы
все наши приборы для чтения последовательностей нуклеиновых кислот относятся к «секвенаторам нового поколения» (Next Generation Sequencers, NGS). При работе они применяют разные молекулярные подходы, но всех их объединяет схожая парадигма использования по сравнению с традиционными сэнгеровскими секвенаторами: они производят очень большое количество относительно коротких чтений (reads). Как правило, в NGS-методиках широко применяется «метод дробовика» (shotgun sequencing) для обеспечения равномерного покрытия исследуемого материала чтениями
Ion PGM
Personal Genome Machine (производство Thermo Fisher Scientific, США) использует технологию полупроводникового секвенирования Ion Torrent. Полупроводниковое секвенирование основано на регистрации изменения pH при включении нуклеотида в растущую нить ДНК. Как правило, используется для задач небольшого масштаба, например, экзомного секвенирования
прибор позволяет получать одиночные и парные чтения длиной 200–400 пар нуклеотидов, общий объем данных зависит от выбранной модели чипа и может варьироваться в пределах от 30 до 2000 млн. п.н. Время работы составляет 1–2 дня
HiSeq 1500
HiSeq 1500 (производство Illumina, США) — секвенатор, в основе работы которого лежит технология секвенирования синтезом на молекулярных колониях. Предназначен в основном для научных задач, требующих большого объема данных (ресеквенирование и сборка геномов эукариот, анализ крупных партий однотипных образцов посредством мультиплексирования)
прибор позволяет получать одиночные и парные чтения фиксированной длины (от 50 до 250 п.н.), общий объем данных может составлять от 15 до 500 млрд. п.н. и даже больше. В режиме максимальной производительности эксперимент занимает до двух недель, однако имеется возможность проведения «быстрого запуска», предоставляющего готовые к анализу данные в течение суток после получения образцов
SOLiD 5500
от Thermo Fisher Scientific (США) - использует технологию лигазного секвенирования. Данная технология хорошо подходит для секвенирования геномов, экзомов и транскриптомов; возможно мультиплексирование множества образцов в одну партию. Лигазное секвенирование предоставляет дополнительный уровень фильтрации ошибок, что повышает достоверность определения полиморфизмов
Прибор позволяет получать одиночные и парные чтения длиной 75 п.н., общий объем данных может достигать 400 млрд. п.н. Время запуска составляет 7–10 дней
Работа на чипах
для экспериментов на микроматрицах мы применяем технологию BeadChip фирмы Illumina (США), которая успела зарекомендовать себя высокой надёжностью, точностью и удобством использования, что подтверждено её многократным применением в большинстве международных научных проектов, связанных с генотипированием или определением экспрессии РНК. Мы предлагаем:
- полногеномное генотипирование наиболее распространённых однонуклеотидных полиморфизмов человека и основных лабораторных или хозяйственно значимых животных
- проверка участков копийности (CNV) и кариотипирование
- генотипирование специфического набора полиморфизмов
В связи с большим ассортиментом чипов Illumina, а также ограниченным сроком их хранения, у нас на складе имеется ограниченный запас наиболее востребованных типов. Для планирования эксперимента Вам стоит предварительно ознакомиться с актуальными предложениями на сайте производителя и проконсультироваться с нами. Мы постараемся организовать максимально оперативную доставку свежей партии чипов специально для Вас
Сканеры микроматриц
BeadArray Reader (производство Illumina, США) — система на основе конфокальной микроскопии и матриц олигонуклеотидных зондов высокой плотности, созданных по технологии BeadArray
Одна ДНК-микроматрица может определять от нескольких тысяч до миллионов однонуклеотидных и копийных полиморфизмов генома. Возможно сканирование как стандартных микроматриц с заданным набором полиморфизмов, так и микроматриц собственного дизайна (iSelect). Существуют микроматрицы для генотипирования большинства модельных организмов и хозяйственно полезных животных. Время сканирования микроматрицы (на которой может быть размещено до 24 образцов) составляет 2 часа, пробоподготовка может проводиться одновременно для 4 микроматриц и занимает 3 дня
Кроме генотипирования, платформа также может использоваться для анализа метилирования
Услуги по биоинформатике
Помимо «мокрой» работы, мы также обеспечиваем биоинформатическую поддержку проводимых экспериментов. В ходе работ с применением современных методов молекулярной биологии часто производятся большие объёмы данных, и для полноценного их использования в научной работе могут потребоваться значительные вычислительные ресурсы и квалифицированные кадры. У нас накоплен богатый опыт работы с разнообразными задачами в области геномики, и мы будем рады помочь Вам с их решением. Спектр возможных расчётов включает в себя как базовую обработку генетической информации (например, контроль качества, картирование чтений на референсный геном), так и ряд специализированных анализов:
- SNP- и indel-calling, анализ копийности по данным геномного или экзомного секвенирования, функциональная аннотация полиморфизмов
- Сборка геномов de novo
- Работа с экспрессионными данными, биаллельная транскрипция, дифференциальный сплайсинг
- Разнообразные ассоциативные исследования — полногеномные или селективные, популяционные или семейные, по данным генотипирования или секвенирования
Возможна работа как с данными, полученными у нас же, так и с любыми другими, в том числе и находящимися в публичном доступе (например, из архивов SRA). Кроме того, мы поможем Вам с планированием эксперимента с точки зрения биостатистики и биоинформатики, разработаем и реализуем автоматизацию имеющихся у Вас научных расчётов
Мы располагаем собственным вычислительным кластером, но также и имеем возможность заказа дополнительных мощностей у наших партнёров в любом объёме на случай, если поставленная задача потребует специфических ресурсов
