Секвенирование
Чтение нуклеотидных последовательностей является универсальным инструментом геномики и с развитием технологий NGS становится всё более доступным. Мы обладаем рядом различных приборов для проведения секвенирования и рады предложить Вам:
Полногеномное секвенирование
требуется в сложных медицинских случаях, а также для работы с организмами, у которых неизвестен референсный геном, при необходимости сборки генома de novo, и изучении межгенного пространства. Мы поможем Вам с планированием эксперимента и подберём правильную схему покрытия генома.
Секвенирование экзомов
экономичное и информативное решение большинства медико-генетических задач, особенно в случаях массовых и популяционных анализов. Возможно чтение как всего экзома, так и выборочное (таргетное) секвенирование генов для кандидатных исследований.
Секвенирование РНК
for all your gene expression needs. У нас можно заказать исследование целых транскриптомов, микроРНК и других регуляторных последовательностей.
Различные эпигенетические анализы
любого формата - определение метилирования ДНК, анализ гистонных модификаций. У нас накоплен богатый опыт пробоподготовки и анализа данных бисульфитного секвенирования (RRBS) и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq).
Технология 10х
представляем уникальную новую услугу — секвенирование 10x с использованием технологий Chromium и GemCode от 10x Genomics. В основе метода лежит использование микрореакторов: отдельные клетки или образцы ДНК (от 1 нг) заключаются в гелевые капли и готовятся независимо друг от друга. Каждой капле назначается индивидуальная молекулярная метка, с помощью которой можно отличить образцы на стадии анализа данных.
Применение
Анализ экспрессии отдельных клеток
индивидуальный профиль экспрессии до 80 000 клеток, точность метода позволяет идентифицировать редкие подтипы внутри тканей.
Иммунное профилирование
каталогизация V(D)J-репертуара, полноразмерный анализ тяжёлых и лёгких цепей иммуноглобулинов, выделение изотипов, оценка разнообразия и клональности клеток.
Сборка de novo
эффективная и малозатратная реконструкция генома благодаря группировке чтений.
Массовый анализ копийности
поиск участков копийности размером от 2 Mb в тысячах отдельных клеток, кластеризация и реконструкция эволюции копийных вариантов внутри ткани, популяции стволовых клеток или опухоли.
Секвенаторы
HiSeq 1500
HiSeq 1500 (производство Illumina, США) — секвенатор, в основе работы которого лежит технология секвенирования синтезом на молекулярных колониях. Предназначен в основном для научных задач, требующих большого объема данных (ресеквенирование и сборка геномов эукариот, анализ крупных партий однотипных образцов посредством мультиплексирования).
Прибор позволяет получать одиночные и парные чтения фиксированной длины (от 50 до 250 п.н.), общий объем данных может составлять от 15 до 500 млрд. п.н. и даже больше. В режиме максимальной производительности эксперимент занимает до двух недель, однако имеется возможность проведения «быстрого запуска», предоставляющего готовые к анализу данные в течение суток после получения образцов.
MinION
MinION – нанопоровый секвенатор третьего поколения производства компании Oxford Nanopore Technologies с максимальной производительностью до 30 млрд. нуклеотидов за один запуск и без ограничений по длине прочтений.
Области применения MinION:
- Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование.
- Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах.
- Детекция хромосомных аберраций.
- Исследование альтернативного сплайсинга.
- Определение копийности определенных последовательностей.
- Анализ экспрессии генов.
- Детекция модифицированных нуклеотидов.
- Анализ профиля метилирования и др.
Услуги по биоинформатике
Помимо «мокрой» работы, мы также обеспечиваем биоинформатическую поддержку проводимых экспериментов. В ходе работ с применением современных методов молекулярной биологии часто производятся большие объёмы данных, и для полноценного их использования в научной работе могут потребоваться значительные вычислительные ресурсы и квалифицированные кадры. У нас накоплен богатый опыт работы с разнообразными задачами в области геномики, и мы будем рады помочь Вам с их решением. Спектр возможных расчётов включает в себя как базовую обработку генетической информации (например, контроль качества, картирование чтений на референсный геном), так и ряд специализированных анализов:
- SNP- и indel-calling, анализ копийности по данным геномного или экзомного секвенирования, функциональная аннотация полиморфизмов;
- сборка геномов de novo;
- работа с экспрессионными данными, биаллельная транскрипция, дифференциальный сплайсинг;
- разнообразные ассоциативные исследования — полногеномные или селективные, популяционные или семейные, по данным генотипирования или секвенирования.
Возможна работа как с данными, полученными у нас же, так и с любыми другими, в том числе и находящимися в публичном доступе (например, из архивов SRA). Кроме того, мы поможем Вам с планированием эксперимента с точки зрения биостатистики и биоинформатики, разработаем и реализуем автоматизацию имеющихся у Вас научных расчётов.
Мы располагаем собственным вычислительным кластером, но также и имеем возможность заказа дополнительных мощностей у наших партнёров в любом объёме на случай, если поставленная задача потребует специфических ресурсов.
